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Im Wesentlichen muss vor jeder Klassen- oder Funktionsdefinition ein Kommentarblock, beginnend mit /** oder /// für C++ oder ## für Python, erscheinen, damit er von Doxygen aufgenommen wird. Viele Spezielle Befehle, die mit \ oder @ beginnen, können verwendet werden, um Teile des Codes zu definieren und die Ausgabe zu formatieren. Auch Markdown Syntax wird innerhalb des Kommentarblocks verstanden, was es bequem macht, bestimmte Teile der Dokumentation hervorzuheben.